Jednym z celów dotyczących poprawy jakości wód, wynikającym bezpośrednio z Ramowej Dyrektywy Wodnej 2000/60/WE, jest osiągnięcie w 2015 r., co najmniej dobrego stanu wszystkich wód w kraju. Przyjęcie przez Polskę tej Dyrektywy zastąpiło wykonywaną wcześniej ocenę czystości i użyteczności gospodarczej wód, oceną stanu ekologicznego. W ten sposób analizie podlega stan wód nie tylko traktowanych jako zasoby gospodarcze, ale przede wszystkim jako element ekosystemu. Najważniejszą z punktu widzenia ochrony zdrowia człowieka, jest jakość zasobów wykorzystywanych do produkcji wody przeznaczonej do spożycia. W dokumencie „Stan czystości rzek na podstawie wyników badań wykonanych w ramach państwowego monitoringu środowiska w latach 2007–2009” podano, że: – jedynie 10,6% długości powierzchniowych wód płynących spełnia wymagania stawiane wodom wykorzystywanym do zbiorowego zaopatrzenia w wodę do spożycia, – aż 28,7% długości monitorowanych wód jest nadmiernie zanieczyszczonych w stosunku do stawianych im najłagodniejszych wymagań uwarunkowanych potrzebami gospodarki. Na obniżenie jakości wody wpływ miały zanieczyszczenia fizyko-chemiczne takie jak: pH, zawiesina ogólna, mangan, wielopierścieniowe węglowodory aromatyczne (WWA), ChZTCr, BZT5 i ogólny węgiel organiczny (OWO). Duży wpływ na obniżenie kategorii jakości wód miały również zanieczyszczenia mikrobiologiczne, tj. liczba bakterii grupy coli typu kałowego, liczba paciorkowców kałowych i liczba bakterii grupy coli.